Kudłaty i Scooby dowiadują się o tajemniczym zniknięciu naukowca, wuja Kudłatego – Alberta. Wuj Albert pozostawił im w spadku swój dom duży jak pałac, milion dolarów i nanotechnologię. Wynalazek ten próbuje przejąć docent Phibes, lecz Kudłaty i Scooby zawsze krzyżują mu plany. Nanotechnologią są Super Scooby Chrupki, a każda z nich ma inną moc. Osoba, która zjada chrupkę, szybko dostaje daną moc, lecz równie szybko ją traci. By krzyżować Phibesowi plany, Scooby je jedną z Chrupek i go pokonuje. Tymczasem wuj Albert zawsze przysyła przyjaciołom wiadomość, jaki plan ma tym razem ich wróg i co muszą zrobić, by go powstrzymać.