Príbeh sa odohráva 10 rokov po udalostiach Epizódy I - Skrytá hrozba. Republika sa zmieta v ťažkostiach a chaose. Separatistické hnutie zachvátilo stovky planét a mocné zjednotené spojenectvo znamená nové ohrozenie galaxie, ktorému nedokáže zabrániť ani Jediovia. Tieto tajomnými silami dlho pripravované zmeny vedú k začiatku vojny Klonov a začiatku konca Republiky. Pre odvrátenie blížiacej sa hrozby a pre upevnenie svojej moci, schváli najvyšší kancelár Palpatine vytvorenie Veľkej republikovej armády na pomoc príslušníkom rádu Jediov. V tejto závažnej situácii sa spoja naši známi hrdinovia Obi-Wan Kenobi, Padmé Amidala a Anakin Skywalker.